En el espacio que ocupa el templo de Santa María de Gracia fue donde se edificó la Iglesia de San Miguel, la primera catedral de Guadalajara, bajo la advocación de San Miguel Arcángel. Cabe mencionar que esta iglesia estaba al lado de la primera plaza mayor de la ciudad y ahora se conoce como la Plaza Fundadores. La antigua catedral fue un templo bastante sencillo de adobe. Hubo un incendio el 30 de mayo de 1574 que dañó severamente la iglesia. Tiempo después el centro de Guadalajara se cambió hacia la nueva plaza mayor, dónde se edificó la nueva catedral.

Actualmente la iglesia catedral continúa en peligro: ha sido dañada por los sismos de 1932, 1957, 1979, 1985, 1995 y 2003. Entre los riesgos que presenta están: la breve inclinación de la torre norte, su ligero hundimiento y el daño estructural que ha sufrido la cúpula, entre otros. A causa de las vibraciones constantes que generan los vehículos circulantes por el túnel bajo avenida Hidalgo, se está dañando la edificación y la torre norte, que colinda justo con esta vialidad.